Il se trouve dans la Tour de Doña Ochanda, une demeure fortifiée du XVe siècle qui défendait de sa façade extérieure la muraille. Le palais fut reconstruit au XVIe siècle par Don Andrés Martínez de Iruña qui le baptisa du nom de sa fille doña Ochanda. Le premier étage du musée est dédié au monde de la géologie et à un intéressant gisement d'ambre aux inclusions d'insectes. Le deuxième étage est consacré aux domaines de la botanique et de la zoologie.