Aquest Parc Ecològic és, juntament amb Urdaibai, un dels enclavaments més importants de tota la costa basca per a l'avifauna. Són nombroses les espècies d'aus que es poden observar a Plaiaundi, tot i que cal destacar la quantitat d'aus limícoles, palustres i marines que utilitzen la zona com a lloc de descans i alimentació durant els seus moviments migratoris, hivernada i, en menor mesura, durant l'època de cria.
La seva situació estratègica, entre el mar i la barrera muntanyosa dels Pirineus, contribueix sens dubte a la riquesa d'espècies que el freqüenten durant els passos migratoris, la qual cosa fa de Plaiaundi un lloc privilegiat per a l'observació de nombroses espècies.
A més de les aus, altres grups d'animals troben aquí un hàbitat adequat, destacant la presència del Sapo Corredor, que compta amb una població aïllada de la resta de la seva àrea de distribució.