Una escultura de Santiago Peregrino del siglo XIII y un San Francisco pintado por el Greco son algunas de las joyas de la colección de la Diócesis donostiarra.
Pinturas, esculturas y piezas de orfebrería conforman la colección de obras de arte sacro de la Diócesis de Donostia-San Sebastián, que se muestran en el edificio de la Sagrada Familia de Amara.
La colección fue iniciada por Manuel Lekuona y José María Zunzunegui, quienes recorrieron archivos y sacristías de iglesias, ermitas, conventos y casas parroquiales, a la búsqueda de obras merecedoras de ser puestas a la luz para el conocimiento y el disfrute de todos. La labor ha permitido recuperar para la memoria colectiva, aplicándoles tratamientos de conservación y restauración, piezas que reflejan la historia del pueblo vasco desde su sentir religioso.
Los fondos del Museo Diocesano se ordenan cronológicamente, desde la Edad Media hasta el siglo XX de Oteiza y Chillida.